Возбудитель болезни — микроспоридия Encephalitozoon cuniculi. Этот паразит, невидимый невооруженным глазом, поражает клетки хозяина, преимущественно затрагивая нервную систему, почки и глаза. Заражение чаще всего происходит через попадание спор паразита в организм с кормом или водой, загрязненной мочой инфицированного животного. Также возможен внутриутробный путь передачи от матери к детенышам. После инфицирования может пройти длительное время, прежде чем проявятся первые клинические признаки, а некоторые кролики остаются бессимптомными носителями всю жизнь.